STTB Ambon berawal dari dibukanya Sekolah Teologi Pratika Ambon (STPB Ambon) yang didirikan pada tahun 1993 dengan SK Badan Pekerja Harian Gereja Bethel Indonesia (BPH GBI) Pusat No. 119/SU/RNI/93dan Operasional Depag Kanwil Prop. Maluku No. W.V/SD/PP.00.9/210/95. Program STPB Ambon adalah program non gelar, dengan masa studi minimal 1 tahun dan pengelolaannya di bawah pengawasan Departemen Pendidikan dan Teologi BPH GBI. Kemudian ditingkatkan menjadi Akademi Teologi Bethel Ambon pada tahun 2007 dengan peserta didik dari interdenominasi gereja. Dalam upaya meningkatkan layanan dan mutu serta memperhatikan ketentuan umum Sistem Pendidikan Nasional dan Pendidikan Tinggi Teologi, maka pada Tahun 2009 ditingkatkan menjadi Sekolah Tinggi Teologi Bethel Ambon (STTB Ambon) dengan surat Rekomendasi Depag Kanwil Prop. Maluku No.Kw.25.05/4/KP.00.2/319/2009. Dan SK Dirjen Bimas Kristen Kemenag RI No. DJ.III/Kep/HK.005/581/2011.

Keberadaan Sekolah Tinggi Bethel Ambon sebagai pendidikan tinggi keagamaan di Maluku sangat diperlukan untuk bergerak serta dalam upaya mencerdaskan kehidupan bangsa dan meningkatkan kualitas Indonesia, secara khusus dalam kehidupan rohani umat Kristen dan bertujuan membentuk putra-putri bangsa Indonesia menjadi manusia Indonesia seutuhnya, yang memiliki keterampilan tinggi, kreatif, bertanggungjawab, bersikap demokratis dan penuh tegang rasa, berkercerdasan tinggi dan berbudi pekerti luhur serta mencintai bangsa dan negaranya.  Kebutuhan umat Kristen dalam pembinaan kerohanian dimasa sekarang dan mendatang semakin besar dan rumit karena perkembangan industri. STT Bethel Ambon hadir untuk menjawab kebutuhan tersebut.